Speța steagului secuiesc, care reprezintă identitatea etnică regională a maghiarilor care trăiesc în inima României, în Ținutul Secuiesc, a devenit un subiect destul de controversat în ceea ce privește atitudinea autorităților române față de simbolurile naționale și regionale ale minorităților. În ciuda faptului că în România Constituția garantează dreptul la identitate pentru fiecare cetățean, devine din ce în ce mai evident, că unii sunt mai egali decât alții.
Recent, instanțele din țară au dispus înlăturarea steagului secuiesc de pe fațadele și din diferitele încăperi ale instituțiilor, dar și din alte locuri publice ale localităților cu o populație maghiară semnificativă.
Mai mult, una dintre cele mai recente decizii se referă la un steag secuiesc, primit în donație de către Consiliul Județean Covasna pe data de 30.03.2016. Preşedintele Consiliului Judeţean Covasna, TAMÁS Sándor, a declarat că sentinţa definitivă a Curţii de Apel Braşov îl obligă să înlăture steagul secuiesc arborat în sala de şedinţe a instituţiei pe care o conduce. Potrivit acestuia, magistraţii Curţii de Apel Braşov au menţinut sentinţa anterioară a Tribunalului Covasna, dând câştig de cauză Prefecturii, care a acţionat în instanţă Consiliul Judeţean pentru arborarea, fără temei legal, a steagului secuiesc. Pe problematica simbolurilor minorităților, președintele Consiliului Județean Covasna a mai declarat, că nu poate trece, totuşi, cu vederea că lucrurile sunt „cântărite cu unităţi de măsură diferite”, având în vedere faptul că în alte zone ale ţării sunt folosite în mod oficial numele unor regiuni istorice în denumirile unor instituţii, precum ISU Oltenia, ISU Ţara Bârsei, ISU Crişana, ISU Dobrogea sau ISU Bucovina, lucru nepermis în cazul Ţinutului Secuiesc.
Curtea și-a justificat decizia arătând că steagul este ilegal, deoarece Ținutul Secuiesc nu există ca o unitate administrativ-teritorială separată, și în Constituție regiunile nu sunt recunoscute.
Toate acestea se întâmplă în ciuda faptului că începând cu anul 2013, raportul anual al Departamentului de Stat american privind drepturile omului aduce critici dure la adresa României, și menționează în mod continuu problema steagului secuiesc în secțiunea dedicată încălcării drepturilor minorităților. În mod similar, Comisia Europeană împotriva Rasismului și Intoleranței a recomandat ca autoritățile române să asigure ca principiul egalității de tratament să se aplice în ceea ce privește utilizarea simbolurilor naționale și regionale, și să remedieze orice încălcare a acestora.